Nach der Machtergreifung der Nationalsozialisten 1933 paßt sich die Gemeinde rasch an die „neue Zeit“ an. Im Juni müssen die kirchlichen Körperschaften aufgelöst und in die NS-Strukturen integriert werden. Im Gemeindekirchenrat dominieren die „Deutsche Christen“
Zu den antijüdischen Pogromen und dem Terror gegen Sozialdemokraten und Kommunisten finden sich in den Dokumenten der Gemeinde keine Äußerungen. Ebensowenig werden die Rettungsaktionen des reformierten Pfarrehepaares Ratsch in Köpenick und der Widerstand von Pfarrer Goosmann aus Adlershof gegen die „Deutschen Christen“ erwähnt.
1935 wird die „Brauthalle“ zur „Ehrenhalle“ für die im 1. Weltkrieg getöteten Gemeindeglieder umgewidmet und unter Mitwirkung der NSDAP und der DC eingeweiht. Die Gedenktafeln mit 345 Namen werden am 20. Juni 1937 geweiht.
Der Friedensbote veröffentlicht zunehmend antijüdische Artikel.
Bei Beginn des 2. Weltkrieges müssen Maßnahmen für den Luftschutz ergriffen werden.
Der Organist, Pilz wird bald nach Kriegsbeginn zur Luftwaffe eingezogen und kommt 1943 von einem Flug nicht zurück.
Auch über die Zwangsarbeiter, die seit Kriegsbeginn in Schöneweide arbeiten und untergebracht sind, und das Zwangsarbeitslager GBl 75/76, das ab September direkt neben der Kirche für über 2000 Menschen gebaut wird, schweigen die Akten der Gemeinde.
Günter Schlemminger, der als Kind in Altglienicke gewohnt hat, erinnert sich, „…dass meine Mutter auch bei Pertrix gearbeitet hat. Sicher waren dort auch Zwangsarbeiterinnen. Davon weiß ich aber nichts. Später hat meine Mutter bei Fusor in Rudow gearbeitet, natürlich für die Kriegswirtschaft. Sie schwärmte von den netten, sympathischen ukrainischen Mädchen dort und lud einige zu uns ein. Es kamen eines Tages 3 junge Frauen. Die jüngste hieß Sonja und sprach gut deutsch. Sie äußerte sich negativ über Stalin. Ich borgte ihr mein Knabenfahrrad und sie fuhr ein Stück auf der Schönefelder Chaussee. Meine Mutter gab ihnen zu essen und schenkte ihnen Kleidungsstücke. Aus Dankbarkeit gingen sie in unseren Keller und haben die Kartoffeln ausgelesen. Was später aus ihnen geworden ist, weiß ich nicht. Ich vermute, das Schlimmste für sie war furchtbares Heimweh und der Umstand, daß sie den Luftangriffen ungeschützt ausgeliefert waren. Ich habe als Kind Zwangsarbeiter in Gruppen auf der Straße gesehen. Sie trugen auf ihrer Kleidung die Aufschrift „Ost“…
Am 12. März, dem Ostersonntag 1944, brennt die Kirche aus. „Etwa im 15.30 Uhr wurde Oberpfarrer Hoffmann in seiner Wohnung durch einen Polizeibeamten benachrichtigt, daß die Kirche brenne. Als er hineilte, war die Kirche bereits in dichte Rauchwolken gehüllt…Das Schiff selber brannte vom Altar bis zum Orgelchor. Es ist anzunehmen, daß die gewaltigen Erschütterungen, denen…das Kirchenschiff durch die nah aufgebaute Flak ausgesetzt war, Wackelkontakte entstanden, die schließlich zu Kurzschlüssen führten… „