Nach der Vereinigung West- und Ostdeutschlands gehen durch die Abwicklung der Großbetriebe in Ober- und Niederschöneweide über 20.000 Arbeitsplätze verloren. Niederschöneweide wird zum Sanierungsgebiet, sozio-kulturelle Zentren entstehen, 2006 wird das Dokumentationszentrum NS-Zwangsarbeit eröffnet. Ab 2015 entstehen neue Wohngebiete.
Mit der Vereinigung übernehmen die Kirchen die westdeutsche Staat-Kirche-Gesetzgebung: Kirchensteuer wird vom Finanzamt eingezogen, Religionsunterricht wird Schulfach, die Militärseelsorge bleibt im Osten zunächst in der Verantwortung der Kirchen, ab 2004 tritt der Militärseelsorgevertrag auch dort in Kraft. Für Pfarrer gilt das Beamtenrecht.
Im Januar 2005 schließen sich die Kirchgemeinden Treptow, Baumschulenweg, Johannisthal, Nieder- und Oberschöneweide zur Region Berlin Oberspree-West zusammen, Die Gemeinden bleiben selbständig, führen aber viele Aktivitäten gemeinsam durch. Als Dr. Elliger 2007 in den Ruhestand geht, wird die Pfarrstelle auf eine halbe reduziert. In den Folgejahren wechseln die Pfarrer häufig, die Zusammenarbeit mit den Nachbargemeinden wird intensiver. Viele Aktivitäten liegen in der Verantwortung Ehrenamtlicher.
Angeregt vom Reformprozeß der Landeskirche „Salz der Erde“ blickt die Gemeindeversammlung im Mai 2007 10 Jahre voraus und sieht vor sich eine renovierte Friedenskirche mit einer einladenden generationsübergreifenden Gemeinde, die sich für die Menschen in ihrem Kiez und den Frieden in der Welt engagiert.
Die Gemeinde beteiligt sich am Aufbau der Bürgerplattform „Organizing Schöneweide“, die sich für die Ansiedlung der Hochschule für Technik und Wirtschaft in Oberschöneweide und den Wiederaufbau des Kaiserstegs einsetzt. In den Jahren 2008 bis 2017 ist sie Mitglied der erweiterten Bürgerplattform „SO-mit uns“.
In und an der Friedenskirche muß in 90 Jahren immer wieder gebaut, repariert, saniert werden. Eine umfassende Sanierung findet 2010/11 statt. Der Kirchgarten wird in all den Jahren gepflegt und genutzt.
2015 schreibt Pfarrer Hecker: „Das auffälligste, was uns in den letzten Jahren gelungen ist, ist die Sanierung und der Umbau der Friedenskirche und die Erweiterung des Kindergartens. Darauf können wir zu Recht sehr stolz sein. Wir haben in der Friedenskirche jetzt ein kleines Gemeindezentrum, in dem sich alle wohl fühlen.“
In der Kirche befinden sich das Gemeindebüro, ein Gruppenraum, die Winterkirche, die auch als Indoor-Spielplatz und Probenraum genutzt wird. In der Kirche finden Bürgerversammlungen statt, Konzerte verschiedenster Art, Gottesdienste freier ökumenischer Gemeinden.
In 90 Jahren werden schätzungsweise 5000 Gottesdienste gefeiert, viele Menschen getauft, konfirmiert, getraut, wird der Gestorbenen gedacht.
Im März 2020 lähmt die Corona-Pandemie das gesamte gesellschaftliche Leben. Veranstaltungen aller Art, auch Gottesdienste, werden untersagt. Weder in der Karwoche noch zu Ostern finden Gottesdienste in der Kirche statt. Auch die Veranstaltung zum 90.Jahrestag der Kirchweihe muß verschoben werden.